Τα κτήματά της στο Λειβαδιώτη τα δώρισε όλα στο μοναστήρι και η ίδια εγκαταστάθηκε σε αυτό με το όνομα Μάρθα. Το όνομα της Μάρθας Μοναχής μνημονεύεται μέχρι σήμερα στις λειτουργίες που γίνονται στη Μονή, ως κτητόρισσας.
Σύμφωνα με άλλη ιστορική εκδοχή, το όνομα της Μονής Οδηγήτριας σχετίζεται με κάποιο αντίγραφο της περίφημης εικόνας της Μονής Οδηγών της Κωνσταντινούπολης, η οποία αποδίδεται στον Ευαγγελιστή Λουκά και είναι από τις πιο αγαπητές και θαυματουργές εικόνες στο Βυζάντιο

Μετά το θάνατο του Ξωπατέρα οι κατακτητές οθομανοί ξέσπασαν την οργή τους στο μοναστήρι καταστρέφοντας τα κτίρια και λεηλατώντας ιερά σκεύη, βιβλία και ότι άλλο βρήκαν μπροστά τους.
Την ανασυγκρότηση και αναστήλωση της Μονής Οδηγήτριας αποφάσισε το 1841 η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Κρήτης, όπως αναφέρεται στο σχετικό «συστατικόν» του ΙΘ' αιώνα. Οι λιγοστοί μοναχοί που έμειναν συνέβαλαν στην προσπάθεια ανασυγκρότησης. Το Μάιο του 1844 το Οικουμενικό Πατριαρχείο, για να βοηθήσει στην αποκατάσταση του μοναστηριού το έθεσε υπό την προστασία του με Σιγίλιον με το οποίο κατέστησε τη Μονή Οδηγήτριας Σταυροπηγιακή. Η κατάσταση του μοναστηριού βελτιώνεται τον επόμενο χρόνο, όπως επιβεβαιώνεται από Πατριαρχική επιστολή (1845). Το 1853 το Πατριαρχείο ζήτησε την οικονομική αρωγή του μοναστηριού για την ίδρυση Ορφανοτροφείου στην Κωνσταντινούπολη. Χρηματική βοήθεια έστειλε η Οδηγήτρια και στη χριστιανική κοινότητα του Ηρακλείου για την ενίσχυση των ελληνικών σχολείων της Κρήτης και την ανέγερση του Ιερού Ναού του Αγίου Μηνά.
Σε όλη τη διάρκεια της οθομανικής κατοχής και ζοβερής κυριαρχίας η Μονή Οδηγήτριας, παρά τα προβλήματα που αντιμετώπιζε, δε σταμάτησε να ενισχύει με κάθε μέσο τους επαναστάτες. Δεν είναι τυχαίο το γεγονός ότι σε δύο ηγουμένους της Μονής (Γεράσιμο και Αγαθάγγελο) απονεμήθηκε ο τίτλος του οπλαρχηγού. Στη μεγάλη Κρητική Επανάσταση του 1866 η Οδηγήτρια είχε μετατραπεί σε μπαρουταποθήκη, με πρωτεργάτη τον ηγούμενο Γεράσιμο. Αυτός ανέπτυξε πλούσια αντιστασιακή δράση, εκλέχθηκε Επίτροπος του χριστιανικού πληθυσμού του Νομού Ηρακλείου και Γενικός Ταμίας της Επανάστασης και πήρε μέρος σε όλες τις σημαντικές αποφάσεις της κρίσιμης αυτής περιόδου.
Αξιοσημείωτη είναι και η επίσκεψη του γέροντα πια αγωνιστή της Επανάστασης καπετάν Μιχάλη Κόρακα τον Αύγουστο του 1882, λίγο πριν πεθάνει, που επισκέφθηκε για τελευταία φορά το ναό της Παναγίας της Οδηγήτριας και αποχαιρέτησε τους παλιούς γνώριμους, φίλους και συμπολεμιστές, μεταξύ των οποίων και τον ηγούμενο Γεράσιμο Μανιδάκη. Μαζί του προσκύνησε για τελευταία φορά τις εκκλησίες στο Μάρτσαλο και το Αγιοφάραγγο και τέλεσαν μαζί μνημόσυνο στη μνήμη του Ξωπατέρα. Στην Επανάσταση του 1897 η Μονή Οδηγήτριας φιλοξένησε το γιο του Μιχαήλ Κόρακα, Αριστοτέλη, λοχαγό και αρχηγό του ελληνικού στρατού στις ανατολικές επαρχίες της Κρήτης, ο οποίος ποτέ δεν ξέχασε πως σώθηκε χάρη στη βοήθεια του μοναστηριού.
Οι περιπέτειες του μοναστηριού συνεχίστηκαν και κατά τη Γερμανική κατοχή, όταν το μοναστήρι κινδύνεψε να καεί για δεύτερη φορά επειδή περιέθαλψε τους αντάρτες. Την περίοδο αυτή τα κειμήλια του μοναστηριού και οι εικόνες είχαν μεταφερθεί στο γειτονικό χωριό Λίσταρος για προστασία.